[general_dat] Invitación a la defensa de tesis de licenciatura de Inés Suárez

[Maria Elena Buemi]

Están todos invitados a la defensa de la tesis de Licenciatura en Ciencias
de Datos de Inés Suárez de título: "Herramientas computacionales para el
análisis de la morfología, distribución y dinámica mitocondrial en imágenes
de microscopía de fluorescencia".

Directora: Luciana Bruno, IC ;Codirectora: María Elena Buemi, DC-ICC

Día: lunes 13 de julio
Hora: 12
Lugar: Aula 1101

Jurados: Dra. M. Cecilia De Rossi y Dr. Pablo Negri

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RESUMEN
Las mitocondrias son organelas dinámicas cuya morfología y movilidad se
encuentran
estrechamente relacionadas con el estado fisiológico celular. El análisis
cuantitativo de
imágenes de microscopía permite estudiar estas características de manera
objetiva, aunque
requiere herramientas computacionales capaces de procesar grandes volúmenes
de datos.
En este trabajo se desarrollaron e implementaron distintas metodologías
para el an´ali-
sis de imágenes y secuencias temporales de mitocondrias. En primer lugar,
se reprodujo
un clasificador de regresión logística previamente publicado para la
detección de fenoti-
pos celulares asociados a trastornos psiquiátricos a partir de
carácter´ısticas morfológicas
extraídas con CellProfiler, obteniéndose resultados comparables a los
reportados por los
autores originales.
Posteriormente, se entrenó una red neuronal convolucional para generar
máscaras
nucleares y celulares utilizando únicamente imágenes del canal
mitocondrial. El modelo
alcanzó un buen desempeño sobre el conjunto de datos empleado durante el
entrenamiento,
aunque presentó dificultades para generalizar a imágenes adquiridas bajo
condiciones
experimentales diferentes.
Finalmente, se desarrolló un pipeline para la extracción de métricas
morfológicas y
dinámicas en secuencias temporales de mitocondrias sometidas a distintas
condiciones
experimentales. Para ello se emplearon técnicas de procesamiento digital de
imágenes,
esqueletización, flujo óptico y seguimiento temporal.
Los resultados obtenidos demuestran la utilidad de estas herramientas para
la caracte-
rizaci´on autom´atica de la morfología y dinámica mitocondrial en im´agenes
de microscop´ıa.
Palabras claves: dinámica mitocondrial; morfología mitocondrial;
procesamiento digital
de imágenes; segmentación celular; redes neuronales convolucionales;
microscop´ıa de
fluorescencia; flujo óptico; seguimiento de partículas.
-- 
Dra. María Elena Buemi
Departamento de Computación
Maestría en Data Mining
FCEyN - UBA - Argentina